Quake II发生在一个未来主义的科幻环境中。在单人战役中，您将扮演一名名叫比特人的海军陆战队员，参加 “异形霸王行动”，试图通过反击他们的星球Stroggos来拯救地球免受Strogg入侵。 在对 Stroggos 的第一次攻击中，Big Gun以强大的 EMP 爆炸击落了大部分海军陆战队的吊舱。这会导致大多数吊舱坠毁（距目标着陆区数英里）。大多数海军陆战队员被俘或杀死，但比特曼是幸存下来的少数幸运者之一。他发现自己在城市郊区的一个 Strogg 基地中距离大炮数英里。 登陆外星球表面不久，您发现几百个人类仅有几个幸存。现在您必须在戒备森严的军事设施中杀出一条血路，降低城市的防御能力并关闭敌军的战争机器。只有这样人类的命运方可预知。
